Der Name Johanniskraut oder Sonnwendkraut rührt vermutlich daher, dass die Pflanze um „Johanni“, den 24. Juni, den Tag der Sommer-Sonnen-Wende, zu blühen beginnt. Zerreibt man die Blüten, tritt ein dunkelroter Saft aus. Daher nennt man das Kraut auch Johannisblut. Die rote Farbe wird durch Hypericin verursacht, einem der Inhaltsstoffe der Heilpflanze.
Der botanische Name der Heilpflanze lautet Hypericum perforatum. Hält man die Blätter des Johanniskrauts gegen das Licht, glaubt man kleine punktförmige Löcher zu erkennen – daher der Artname perforatum (=durchlöchert). In Wirklichkeit handelt sich jedoch nicht um Löcher, sondern um Drüsen, die ätherisches Öl und Harz enthalten und daher lichtdurchlässiger sind als der Rest des Blatts.